Zu deinen ersten Fragen: Ja, ja, ja und ja.

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Bezüglich comics:
FALLS du mit dem Ergebnis von Calibre nicht zufrieden bist, schau dir mal
manga2ebook (funktioniert leider nicht unter 64bit Windows)
an.
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Setting.xml des Programms für den Kindle:
Code:
<settings>
<strSourceDirectory>C:\</strSourceDirectory>
<blnResize>True</blnResize>
<blnAntialias>True</blnAntialias>
<blnDespeckle>False</blnDespeckle>
<blnFuzz>True</blnFuzz>
<blnImgRotate>True</blnImgRotate>
<blnContrast>False</blnContrast>
<blnNoContrast>False</blnNoContrast>
<blnNormalize>True</blnNormalize>
<blnGrayscale>False</blnGrayscale>
<strResizeMode>h</strResizeMode>
<intImgQualitySave>90</intImgQualitySave>
<blnFilter>True</blnFilter>
<MaxHeight>760</MaxHeight>
<MaxWidth>570</MaxWidth>
<ColorFuzz>15</ColorFuzz>
<fileFilters>credit
notes
mangaproject
sazan</fileFilters>
<blnUnsharp>True</blnUnsharp>
</settings>
Erklärung: Die Höhe und Breite sind deshalb nicht auf 800x600 gesetzt, da der Kindle im PDF Modus eine kleine Leiste unter den Bildern anzeigt die etwas Platz für sich beansprucht.
Die Einstellungen sind für hochformatige Bilder, ohne dass diese zerschitten werden. Für "Kindle quer halten" Einstellungen müsst ihr euch ein wenig spielen. Sowohl die Auflösung der Bilder, als auch die pdf crop Maße (in Pixel) müssen dafür wohl hochgeschraubt werden... (Ist eine Vermutung, kanns leider nicht mehr testen (da 64bit Windows).)