Nach dem ersten Konflikt mit den Kilrathi wird bei einem Angriff nichtidentifizierbarer Schiffe die Tiger’s Claw zerstört. Der Held entkommt, und Admiral Tolwyn ist der Meinung, dass unser Pilot dafür verantwortlich sei. Kurzerhand wird er degradiert und zum Wacheschieben auf einen abgelegenen Außenposten verlegt. Beinahe hat er seine Vergangenheit als Flieger-Ass vergessen, da trifft er bei einer Patrouille auf kilrathische Jäger.
Im Mittelpunkt des Spiels stehen zwei Verräter. Blair begegnet dem Piloten Jazz und dem Kilrathi Hobbes, der sich den Menschen angeschlossen hat. Während Hobbes sich erst im dritten Teil der Spielserie als Doppelagent entpuppen sollte, wird Jazz bereits in diesem Spiel zum Verräter an der Menschheit und sabotiert das Trägerschiff Concordia.
