DVD 1
In einer Welt voller Vorurteile und Hass gegenüber allem, was fremd ist, gelten die Mutanten als die gefährlichsten Feinde der Menschheit. Um sich vor ihren übermenschlichen Fähigkeiten zu schützen, plädiert US-Senator Robert Kelly dafür, sie alle auf eine einsame Insel zu verbannen. Diese Pläne sind Wasser auf die Mühlen des mächtigen Mutanten Magneto, der gemeinsam mit seinen Gehilfen Sabretooth, Mystique und Toad den finalen Kampf gegen die verhasste menschliche Rasse vorbereitet. Einzig die X-Men unter der Führung von Professor Charles Xavier besitzen die Fähigkeiten ihn zu stoppen: Logan, Jean Grey, Storm, Cyclops und Rogue nehmen den Kampf gegen den schlimmsten Feind der Menschheit auf ...
DVD 2
Die X-Men sind zurück und stehen nun vor einer ihrer gefährlichsten Missionen: Ein offensichtlich mit übernatürlichen Kräften ausgestatteter Attentäter spaltet die Menschen und die Mutanten noch weiter, denn sein grauenvoller Angriff hat zur Folge, dass ein Aufschrei nach einem Registrierungsgesetz für Mutanten erneut durch die Öffentlichkeit geht. Die Anti-Mutanten-Bewegung, angeführt von dem ehemaligen Armee-Befehlshaber William Stryker (Brian Cox), der in der Vergangenheit mit Mutanten experimentiert haben soll, rüstet deshalb heimlich zu einem vernichtenden Schlag gegen die durch Mutation entstandenen Lebewesen. Hauptziel ist dabei die Stürmung des Anwesens von Professor Charles Xaviers (Patrick Stewart) Mutanten-Schule. Xaviers Team um Wolverine (Hugh Jackman), Storm (Halle Berry) und Cyclops (James Marsden) versucht dies natürlich mit aller übernatürlicher Macht zu verhindern...
DVD 3
Ein brüchiger Friede zwischen Menschen und Mutanten herrscht auf der Erde, mit einem speziellen Minister für Mutantenfragen, Dr.Hank McCoy alias "Beast" (Kelsey Grammer) haben sie in der Regierung sogar einen Fürsprecher, der sich um ihre Belange kümmert. Als eine Genfirma jedoch ein Mittel entwickelt, mit dem man das Mutationsgen unterdrücken kann, nutzt der nun wieder freie Magneto (Ian McKellen) die bisher auf freiwilliger Basis angebotene "Kur", um Ängste unter den Mutanten zu schüren, sie könnten zur Behandlung gezwungen werden. Er beginnt, eine riesige Armee für den finalen Krieg gegen die Menschen zu sammeln, was wiederum Dr.Xavier (Patrick Stewart) und seine Mutantenschule auf den Plan ruft. Doch Xavier ist selbst in einer Notlage, da Jean Gray tot ist und dann auch noch Cyclops verschwindet. Doch sie alle unterliegen einem Irrtum: Jean Gray lebt und in ihr ist ihre ursprüngliche Mutantenfähigkeit wiedererwacht: die unkontrollierbare und unglaublich mächtige "Dark Phoenix". Als es zum Äußersten kommt,stehen neben Wolverine und Storm nur wenige Mutanten auf der Seite der Menschen...
