Léon ist ein Cleaner, der im Dienste der Italo-Mafia steht. Er erledigt schwierige Aufträge, die er von dem älteren Tony bekommt, prompt und zuverlässig und schaltet im Drogenhandel konkurrierende Banden aus. Jedoch, auch für einen Auftragsmörder wie ihn existieren Regeln, die er als ungeschriebene Gesetze seines Berufsethos versteht: „keine Frauen und keine Kinder“. Abseits seiner Tätigkeit ist Léon jedoch ein einsamer Mensch, ohne Freunde und Familie, hingegen mit trauriger Vergangenheit. Sein einziger Freund (außer dem berechnenden Tony, mit dem ihn jedoch nur das Geschäft verbindet) ist eine Topfpflanze, da sie, wie er „keine Wurzeln hat“.
Eines Tages begegnet er dem zwölfjährigen Nachbarmädchen Mathilda. Als deren Familie von korrupten Polizisten des Drogendezernates (DEA) ermordet wird, rettet er ihr das Leben, indem er sie in seiner Wohnung versteckt. Mathilda schwört den Mördern ihres kleinen Bruders Rache und will ebenfalls Cleaner (Auftragsmörderin) werden. Sie schlägt Léon einen Handel vor: Er bildet sie aus, sie hilft im Gegenzug im Haushalt und lehrt ihn Lesen und Schreiben. Er geht nur widerwillig auf den Handel ein. Léon sieht in Mathilda zunächst nur seine Schülerin (der er, wie festgelegt, nur die Nutzung von Waffen, aber nicht das Töten beibringt), aber Mathilda entwickelt im Laufe des Films Gefühle für ihren Mentor und entwickelt ein lolitaartiges Verhältnis zu ihm. Ihre Annäherungsversuche werden jedoch von Léon zurückgewiesen.
Als Mathildas Versuch, Norman Stansfield (Gary Oldman), den Chef der mit Drogen handelnden Polizistentruppe, zu töten, fehlschlägt, hat Léon, nach anfänglichem Widerstreben, den Kampf gegen die Mörder von Mathildas Familie bereits aufgenommen. Durch einige von Léon im Hauptquartier hinterlassene Leichen aufmerksam geworden, beginnt die Polizei Léon und Mathilda zu jagen. Unter Druck gesetzt, gibt Tony Léons Adresse preis; die Polizisten stürmen das Haus, in dem sich Léon und Mathilda aufhalten. Léon bringt Mathilda in Sicherheit und hält selbst in der Wohnung die Stellung. Durch einen Trick kann Léon den Polizisten entkommen, doch hat der korrupte DEA-Polizist Stansfield, der Mörder von Mathildas Familie, ihn gesehen und verfolgt. Er erschießt Léon von hinten, der aber noch die Kraft hat, ihm ein Geschenk von Mathilda zu übergeben: den gezogenen Sicherungsstift einer Handgranate. Die Granate tötet Léon und Stansfield.
Als Léon nicht wie abgesprochen beim Treffpunkt eintrifft, beginnt Mathilda, die zum Zeitpunkt der gewaltigen Explosion auf Léons Bitten hin längst geflohen ist, ein neues und normales Leben. Mathilda kehrt zur „Spencer School“ zurück und wird dort wieder genommen. Anschließend pflanzt Mathilda Léons Pflanze auf einer Wiese ein und beendet den Film mit den Worten „Hier wird es uns gutgehen, Léon“.
